Neben den zahlreichen Konzerten (neben den Sinfoniekonzerten sind dies auch Kinder- und Jugendkonzerte oder etwa das Neujahrskonzert) dirigierte Stephan Zilias in Hannover bereits eine Reihe von Opernproduktionen, darunter Parsifal, Lear, La Juive, Greek, Carmen, Otello, The Turn of the Screw, Mefistofele, Rusalka und Der Vampyr. Letztere Oper wurde in der Spielzeit 2021/22 in der Fachzeitschrift Opernwelt als Wiederentdeckung des Jahres nominiert. In der laufenden Saison begleitet er als Dirigent die Opern Salome, Sommernachtstraum, The Greek Passion und Der Rosenkavalier.
Fest mit Hannover verbunden, ist Stephan Zilias aber auch andernorts in Konzerten zu erleben. Debüts und Wiedereinladungen erfolgten beim Staatsorchester Nürnberg, am Teatro Lirico di Cagliari, dem Zürcher Kammerorchester, dem Berner Symphonieorchester, den Bremer Philharmonikern, dem Orchestre Symphonique de Mulhouse und dem Beethoven Orchester Bonn, sowie beim Radio Filharmonisch Orkest in den Niederlanden, wo Stephan Zilias auch in der kommenden Spielzeit 2025/26 zu erleben sein wird. Er pflegt zudem eine enge Beziehung zur Deutschen Oper Berlin, wo er in der in der aktuellen Spielzeit Fidelio und Antikrist dirigiert. Gastengagements führten und führen ihn darüber hinaus an die Oper Leipzig und an das Theater an der Wien. Im Sommer 2024 gastierte er zudem mit Lohengrin bei den Savonlinna-Opernfestspielen in Finnland. In dieser Saison wird er mit Freischütz an der Vlaamse Opera in Antwerpen und Gent debütieren.